O intestino humano é habitado por uma complexa comunidade de microrganismos, incluindo bactérias, fungos e vírus, que juntos compõem a nossa microbiota intestinal.
Atualmente, é consenso que a microbiota intestinal seja composta majoritariamente - mais de 90% - por bactérias. Por este motivo, há muito interesse em estudar as bactérias intestinais, resultando em uma grande quantidade de artigos científicos publicados e pesquisas ainda em andamento.
Desde os primeiros estudos descritivos do microbioma humano foi observado que os fungos representam cerca de 0,1% da composição da microbiota intestinal.
A baixa abundância de fungos no intestino e o fato de serem abundantemente encontrados em várias fontes de alimento e no ambiente impõe desafios metodológicos na identificação e interpretação da presença desses microrganismos na microbiota intestinal.
Os fungos colonizam o intestino ou são apenas passageiros?
Um estudo de revisão demonstrou que apenas 13 de 267 espécies de fungos identificadas no intestino humano têm capacidade de crescer a 37ºC, ou seja, são capazes de colonizar o intestino humano. Provavelmente, as demais espécies são oriundas de alimentos ingeridos, ou contaminações ambientais, não representando fungos que estavam de fato colonizando o intestino.
As espécies com capacidade de colonização pertenciam aos gêneros Candida, Saccharomyces, Aspergillus, Cryptococcus, Malassezia, Cladosporium, Galactomyces e Trichosporon.
Identificação de fungos por sequenciamento de DNA
A detecção de fungos na microbiota intestinal pode ser realizada através de análises de sequenciamento de DNA de alto desempenho por metagenômica, conhecida principalmente como shotgun, ou de amplicon, na qual pode-se incluir a detecção de genes como o ITS (Internal Transcribed Spacer) e também regiões do gene ribossomal 18S.
Análise de fungos por amplicon: a análise por amplicons apresenta vários desafios que precisam ser levados em consideração. O marcador ITS está presente também em plantas e o gene 18S em metazoários (humanos, vertebrados), além de fungos.
Por esse motivo, ao utilizar a abordagem de amplicon (ITS ou 18S) para detecção de fungos na microbiota intestinal, é muito comum ocorrer grandes contaminações ambientais da coleta da amostra, do processamento laboratorial e também de fungos e plantas oriundos da alimentação.
Outro ponto importante é que as análises por amplicon não permitem a avaliação quantitativa em relação a composição de bactérias.
Isso acontece porque utiliza-se um amplicon diferente e específico de bactérias, o gene 16S. Pode-se dizer que cada amplicon é uma "unidade de medida" diferente, como grama (peso) e metros (distância) que não podem ser comparados entre si. Portanto, as análises por amplicon tem grande risco de gerar conclusões equivocadas sobre a composição fúngica da microbiota intestinal.
Análise de fungos por metagenômica (shotgun): ao utilizar esta abordagem, todos os microorganismos presentes na amostra terão a mesma metodologia na identificação, por isso, torna-se mais útil e confiável para a avaliação completa do perfil composicional da microbiota intestinal.
Além do mais, a detecção de fungos por metagenômica gera um resultado mais fidedigno ao biológico ao permitir a análise relativa da proporção de DNA de fungos em relação às bactérias.
Isso significa dizer que detectar fungos de relevância clínica em análises de metagenômica acima do que é comumente esperado em uma população saudável (menos de 1%), sugere um quadro infeccioso a ser investigado.
Os exames que possibilitam a identificação de fungos presentes na microbiota intestinal através do sequenciamento de DNA por shotgun, como o PRObiome Plus, podem ser correlacionados com as informações clínicas, auxiliando na conduta personalizada dos pacientes.
Procure o seu médico ou nutricionista e converse sobre como este exame pode ajudar a cuidar da sua saúde de forma mais precisa.
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