Você já pensou no que acontece com a sua amostra depois que você envia para o laboratório da BiomeHub? E como o tubo com sua amostra vira um laudo com informações genéticas de vários microrganismos?
Este post tem como objetivo contar um pouco sobre a trajetória da sua amostra a partir do momento que ela chega ao nosso laboratório!
O que acontece quando a sua amostra chega ao laboratório?
Assim que a sua amostra chega em nosso laboratório, realizamos uma triagem para avaliar se ela está dentro dos nossos parâmetros de aceitação e se podemos ou não processá-la. Entre os parâmetros que analisamos, estão:
Prazo para recebimento após a coleta;
Preenchimento do formulário de cadastro e aceite do Termo de consentimento;
Volume da solução estabilizante;
Quantidade de amostra coletada.
Depois de passar pela triagem, a amostra aceita está pronta para entrar no fluxo de processamento da BiomeHub que consiste na extração do DNA, sequenciamento, análise bioinformática e elaboração do laudo do exame de microbiota.
Como o DNA dos microrganismos é obtido?
Durante a coleta, a amostra é armazenada em uma solução estabilizante. Essa solução garante que os microrganismos da sua microbiota não se multipliquem, além de estabilizar o DNA, garantindo que o resultado seja um retrato exato da microbiota no momento da coleta.
A primeira etapa do processo consiste em isolar e obter o DNA dos microrganismos, este processo chama-se extração de DNA.
Uma das maneiras de fazer a extração do DNA é utilizar esferas microscópicas de ferro, O DNA se liga às microesferas de ferro que são recuperadas usando um ímã. Com isso, conseguimos garantir um DNA puro e com qualidade para seguir com o restante do processo.
Como funciona o sequenciamento de DNA?
Depois de obtermos o DNA, passamos para a segunda etapa: o sequenciamento. Aqui na BiomeHub, a identificação dos microrganismos pode ser feita através de dois métodos:
Sequenciamento de amplicons
Sequenciamento de DNA total
Veja as principais diferenças entre eles:
1. Amplicons
Nesta metodologia, analisamos um fragmento do DNA que é considerado um marcador molecular, como por exemplo o gene 16S rRNA. A primeira etapa consiste na amplificação desse gene, gerando amplicons - nome este dado à “pedaços” de DNA que foram amplificados. A amplificação do gene é realizada através do método de PCR (Reação em Cadeia da Polimerase), produzindo milhões de cópias dessa região pela ação da enzima DNA polimerase.
O gene 16S rRNA é exclusivo de bactérias e archaeas, e é um dos marcadores mais estudados no mundo para avaliação de procariotos, já o espaçador genético ITS1 está presente em eucariotos, sendo comumente utilizado para avaliação de fungos.
Essa metodologia é utilizada nos exames PRObiome, BIOfeme e ORALBIOME, desta forma conseguimos identificar microrganismos específicos.
2. DNA total
A outra metodologia utilizada no nosso laboratório é o sequenciamento de DNA total, que permite a avaliação de todo o DNA da amostra, com a possibilidade de identificação de diferentes microrganismos ao mesmo tempo, como fungos, bactérias e archaeas.
Uma vantagem deste método é a maior especificidade, ou seja, uma maior identificação a nível de espécie quando comparado ao sequenciamento de amplicons. Isso acontece porque conseguimos analisar diferentes regiões do DNA, o que nos ajuda a diferenciar microrganismos que são muito parecidos. Além disso, o sequenciamento de DNA total é um método mais sensível do que o sequenciamento de amplicons, pois possibilita a identificação de microrganismos em abundâncias muito baixas na amostra.
Essa metodologia é utilizada no exame PRObiome Plus.
Sequenciamento
Após isolar e amplificar o DNA realizamos o sequenciamento, que consiste na leitura das sequência de bases nitrogenadas (A, T, C, e G) da amostra. Na BiomeHub, utilizamos o sequenciador NextSeq que tem capacidade de sequenciar até 400.000.000 fragmentos de DNA de uma só vez. Essa leitura do DNA é baseada em fluorescência, ou seja, o sequenciador consegue identificar a sequência de bases nitrogenadas, pois cada uma das bases emite uma fluorescência diferente. O sequenciador então lê essas cores e reconstrói a sequência de DNA da amostra. Nesta etapa os parâmetros de qualidade são avaliados para que as sequências obtidas sejam analisadas.
As sequências de DNA lidas e que atenderam os critérios de qualidade são analisadas por programas de computador que comparam as sequências da amostra com bancos de dados para identificação dos microrganismos.
Elaboração do laudo
Os laudos dos exames de microbiota da BiomeHub são sempre embasados cientificamente para uma interpretação completa dos resultados. A estrutura do laudo é composta por gráficos e tabelas que facilitam a interpretação do resultado e uma lista com todos os microrganismos identificados (filos, famílias, gêneros e espécies). Além disso. os nossos laudos de microbioma intestinal e vaginal possuem intervalos de referência.
A equipe técnica da BiomeHub analisa vários parâmetros para construção do laudo, tais como:
Índice de alfa diversidade, o qual mede o quão rica e homogênea é a composição dos microrganismos presentes na microbiota;
Presença de microrganismos benéficos, que são importantes na produção de moléculas com atividade anti-inflamatória e/ou com atividade antimicrobiana e que contribuem de forma positiva para a saúde;
Presença de microrganismos patobiontes e/ou patogênicos, que dependendo de sua proporção ou relevância, podem trazer efeitos negativos para a saúde.
Após a liberação, o seu laudo ficará disponível no Portal do cliente à você e ao profissional de saúde solicitante do seu exame! Com o resultado do exame de microbiota será possível elaborar uma conduta assertiva e individualizada.
A BiomeHub é uma spin-off da empresa de biotecnologia Neoprospecta, pioneira em análises de microbioma no Brasil, há mais de 10 anos trabalhando com sequenciamento de alto desempenho, também conhecido como NGS - Next Generation Sequencing, de microrganismos.
Atualmente a BiomeHub é uma das principais fornecedoras de testes de microbioma humano, possuindo parceria estratégica e comercial com os maiores laboratórios do Brasil. Além disso, temos orgulho de ser parceiros de pesquisadores das principais instituições acadêmicas do Brasil, hospitais, centros de pesquisa e indústrias farmacêuticas.